en el fondo: en lo más íntimo/profundo; en último término; en realidad. 

-En el fondo estaba muy preocupado — Deep down I was very worried [≈Aunque no lo pareciera]

-En el fondo, tú y yo somos muy parecidos — When it comes down to it, you and I are very similar

 

-Parece que quiere ayudar, pero en el fondo lo que quiere es joder — It seems like he wants to help, but what he really wants to do is be awkward

-Los dos sabemos que en el fondo no se trata de dinero — We both know that, ultimately, this isn't about money

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